Исходя из личного опыта, лучше всего сделать так.
1. То что уже смоделировано оставить как есть. Состояние = "Как спроектировано".
2. Не полениться и пересобрать сборку "Как механизм". Подсборки это условность конструкторской документации, в реальном изделии их ведь нет.
3. Желательно провести упрощение моделей с помощью команды Деталь-заготовка. На каждую деталь создать новый файл и то что смоделировано вставить туда телом. В дальнейшем, при изменении исходных моделей изменятся и эти, производные файлы.
4. При сборке = "Как механизм", то что движется вместе или вообще стоИт, можно собирать в подсборки. В 12 версии структуру легко можно менять прямо в дереве сборки.
5. Добавить только те сопряжения которые нужны для анимации. Да и детали можно брать не все, а только важные для анимации.
6. Собственно создать анимацию.
Работать будет быстро, плавно и красиво. И не усложнится модель - как спроектировано.