Создаётся папка для нового проекта. И в ней папки для узлов, это понятнои правильно. Но там оригинальные детали. А если на предприятии развита система заимствования деталей из другого оборудования,то они соответственно в своих папках. И в сборку по ссылке они берутся именно из этих папок. Если есть необходимость скомплектовать весь проект в одной папке, то тогда и работает комплектовщик документов, как уже сказано, который вытаскивает по ссылкам файлы и копирует их в новую общую папку.