Полностью согласен с niklas. Никогда такой ситуации не было, если структура сохранения файлов правильная. Пишу не голословно, вначале большинство конструкторов сохраняли всё в одну кучу, как в помойную яму. Через некоторое время утонули в ней сами. Для каждого нового изделия создайте папку, в ней папки узлов и т.д. По принципу обычного архива.
Проблемы были с деталями, заимствованными из других станков. Перенесёте корневую папку изделия, а в ней нет заимствованных, потому что они взяты в сборку из папок своих станков. Копировать десятки раз туда-сюда нерационально. Давно обращался в ТП, чтобы они решили эту проблему. И, наверное, не я один. В 14 версии сделали отличный вариант, превратить деталь в сборке в локальную и тогда она уже не ищет ссылки.
Написал в ТП, чтобы по такому же принципу сделали возможность превратиль в локальную деталь библиотечные элементы. Думаю, поддержите.
Пример нашего электронного архива.